1993年合并办学后，青岛大学基础医学实验教学中心共经历了三个建设阶段：

第一阶段：1998～2002年，前期建设阶段。1998年进行了显微结构学相关实验教学课程的整合工作，整合了组织胚胎学、病理学和寄生虫学的实验教学，购置了一批显微镜和多媒体教学设备，建成了青岛大学医学院形态学实验室。在此基础上，进一步整合其他相关实验室，于2002年12月成立了青岛大学基础医学实验教学中心，由首届山东省“泰山学者”特聘教授，博士研究生导师、青岛大学医学院基础学院院长王斌教授担任青岛大学基础医学实验教学中心主任。

第二阶段：2003～2006年，全面建设阶段。2004年，在青岛大学中心校区启动了基础医学实验教学中心楼的建设工作；2005年，立项建设“中央与地方共建高校基础医学实验教学中心”，完成新的实验教学大楼实验教学设备平台建设，完成了基础医学实验教学中心的搬迁、机构设置、人员招聘等工作，根据学科特点和专业特色，组建了人体形态学、显微结构学、病原生物学、人体机能学、细胞与分子生物学实验室等5大基础医学实验室，全部由具有教授职称的教师担任实验室主任。

第三阶段：2007年以来，全面提高阶段。根据教育部、省教育厅关于基础课实验教学的改革要求，结合中心的软件和硬件建设，进一步树立学生为本的理念，注重能力培养与素质提高、系统学习和综合判断的协调发展，理顺理论教学和实验教学的关系，强化理论和实验教学互动及学科间的教学互动，不断完善管理制度，全面提高教学管理水平和实验教学质量，优化实验教学环境，向着独立、综合、创新、互动的基础医学实验教学模式转变，建设国内一流的基础医学实验教学平台。