基础医学实验教学中心现有解剖实验室、显微镜室、互动显微镜室、荧光显微镜室、生物化学实验室、BL-420N生物机能实验室、动物实验室、计算机仿真实验室、胚胎学标本模型室、大体标本陈列室、教学切片准备室、高压消毒室、精密教学仪器室等用于本科实验教学的实验场所71间，总计4536.4平方米。

实验教学中心拥有数字型成像系统、流式细胞仪、倒置荧光显微镜、医学虚拟仿真实验教学系统软件等单价30万元以上的教学设备4台（套），总价值279.2万元；单价5-30万元的仪器设备68台（套），总价值664.9万元；其他实验仪器设备3009件，总价值1753.7万元。仪器设备使用完好率达98%以上，满足实验教学大纲要求。