中心实行中心主任责任制和功能室专人负责制。实验中心主任、副主任实行聘任制，竞争上岗，双向选择，由中心集中统一管理。
实验中心设备资源由实验中心统一管理，安排专人负责实验室设备的运行和日常开放等工作。由各实验室专职管理员承担并开展日常安全卫生和消防工作，实验中心为校内各相关专业学生提供实验环境，并向社会开放，为社会提供服务，资源共享。
各功能室管理责任到人，实验室管理人员负责所分管功能室仪器设备的日常维护和检查维修。每个实验室配有一本上课记录，每台仪器设备上配有一个实验记录本。学校国有资产与实验室管理处定期检查，保证仪器设备的正常高效运行，充分发挥仪器设备的作用。
