医学院培养研究生的历史应该追溯到独立建院时的1956年。是年，高教部、卫生部安排学院于1956年招收副博士研究生4名（眼科学2名，皮肤性病学2名），导师分别为潘作新教授、穆瑞五教授。学院按自行招考的有关规定，拟定了招考简章，公布了招生消息。根据报名的情况，学院委托浙江、沈阳、湖南、南京等医学院校于10月14日、15日进行考试。由于招考消息发布的时间短、面窄、信息不畅，报名者较少，考试筛选后缺乏优秀者，根据从严掌握的要求，两个专业皆未录取。但为招收研究生积累了一定的经验。

　　1978年，学院开始招收第一届硕士研究生。1981年国务院学位委员会授予10个学科（专业）硕士学位授予权。按照国务院学位委员会规定，经省教育厅（82）5号文批准，青岛医学院首届学位评定委员会成立，张之湘教授任学位评定委员会主席。首批招收的九名硕士研究生分别在5个专业学习：人体解剖学（临床应用解剖）2名，指导教师沈福彭教授，微生物与免疫学（病毒学）1名，指导教师田浩泉教授，内科学（心血管病）2名，指导教师朱震教授，皮肤病与性病学（职业性皮肤病）2名，指导教师李景颐教授，眼科学（眼科临床、眼科病理）2名，指导教师潘作新教授。首届硕士生入校时原定学制二年，后延长为三年。

　　国务院学位委员会从1981年至1993年先后五次批准学院硕士学位授权学科（专业）14个，计有人体解剖学、生理学、微生物学与免疫学、病理解剖学、内科学（心血管病、血液病）、外科学（泌尿外、骨外、普外）、神经病学、皮肤病学、妇产科学、眼科学、放射诊断学、营养与食品卫生学、病理生理学、儿科学。

　　1985年教育部发出《关于1986年继续做好推荐优秀应届本科毕业生免试为硕士研究生的试点工作的通知》，学院于1985年成为接收推荐应届优秀本科毕业生免试为硕士研究生的试点单位之一，苗华全等5人成为首批免试录取的研究生。研究生的招生工作逐步走向推荐与考试相结合。

　　1993年，青岛医学院与驻青三校合并组建新的青岛大学。1998年，眼科学成为学校第一个博士学位授权点，实现学校博士点零的突破。到目前为止，学院已有眼科学、儿科学、生理学、病原生物学、神经生物学、营养与食品卫生学6个博士学位授权点，基础医学、临床医学、生物学、口腔医学4个一级学科硕士点，二级学科硕士点40多个。2007年获批眼科学为国家级重点学科，临床医学、生物学博士后流动站。一个多层次、学科门类齐全的研究生教育体系正逐步建成，研究生教育在我院办学体系中占有越来越重要的地位。